Eclipse問題解決しました！！
…知人に教えてもらってw
FC6ではデフォルトでGCJがjava代替として動作してるので、そいつをSun Javaにしなさい、と.
教えてもらった手順でSun J2SE 5.0 Update9とJPackageをインストールして、java環境を切り替え（alternatives）たらWTPもAptanaも動きました.
うーん、まさに今まで悩んだ時間は私の無知のせい orz
無知にも程がある、と言われそうですw
おまけにEclipse自体の動作も軽快になりました.
恐るべしGCJ（と私の無知さ加減）！
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